Петербургские учёные могут расшифровать геном коронавируса
Тема: Коронавирус COVID-19: что надо знать
Учёные Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ разработали сборщик геномов РНК-вирусов, в первую очередь коронавирусов. Новая разработка получила название coronaSPAdes. По предварительным данным, с её помощью уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов, передаёт пресс-служба университета.
Модуль coronaSPAdes — это специальный режим сборщика SPAdes, флагманского продукта лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ. «Сборщик SPAdes и различные режимы его работы позволяют производить расшифровку геномов живых организмов, в том числе вирусов», — уточнили в пресс-службе.
С помощью этого сборщика учёные из разных стран анализируют в том числе патогены, вызвавшие вспышку Эболы в Конго, менингита в Гане.
Биологи до сих пор не могут читать геномы так же, как люди читают книги, то есть от начала и до конца. Вместо этого специалисты «прочитывают» небольшие фрагменты, а затем собирают их в полный текст. В связи с этим сборка генома мало чем отличается от сборки пазла, эта задача относится к одной из самых сложных алгоритмических проблем в биоинформатике, отметили в университете. Чтобы решить её, необходимо использовать специальные инструменты — геномные сборщики.
Как рассказал сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ, один из основных авторов нового продукта Антон Коробейников, на создание модуля coronaSPAdes учёных подвигли запросы научного сообщества. «Из разных лабораторий к нам поступали многочисленные вопросы о том, как лучше с помощью утилит семейства SPAdes собирать РНК-вирусы», — отметил он.
Полная версия coronaSPAdes была разработана за несколько недель. В настоящее время создатели сборщика занимаются его дальнейшим совершенствованием. При этом уже сейчас он позволяет «восстанавливать геномы коронавирусов de novo, гораздо эффективнее и качественнее, чем альтернативные подходы», заявили в СПбГУ. Например, из некоторых наборов данных были собраны полноразмерные геномы, по предварительным данным, ранее неизвестных коронавирусов.
Модуль учитывает особенности данных секвенирования РНК. Кроме того, он реализует уникальные алгоритмические решения, нацеленные на улучшение восстановления последовательности генома коронавирусов. Подходы, заложенные в нём, могут быть использованы в дальнейшем для разработки новых сборщиков, использующих информацию о структуре иных типов геномов.
«Сборщик coronaSPAdes сразу стал активно применяться учёными, но нам сложно оценить границы использования, потому что мы не отслеживаем всех пользователей», — сказал Коробейников. Он сообщил, что интерес к сборщику уже проявил ряд крупных исследовательских сообществ.
Ранее академик Российской академии наук, директор Центра иммунологии и молекулярной биомедицины МГУ, профессор Михаил Пальцев рассказал «Парламентской газете», что разрабатываемые вакцины против нового коронавируса COVID-19 должны пройти определённые стадии испытаний, которые в совокупности займут полтора-два года.
2018
